Hola armando,
Que un almacén no haga contabilizaciones pero otros si lo hagan no es posible, la única manera que no se hagan contabilizaciones en un almacén pero si cantidades es manejar inventario no permanente, pero aplicaría para todos los almacenes y es una configuración irreversible.
Existe otra opción que no permite que se hagan ni contabilizaciones ni manejo de inventario que es configurando que el almacén sea de entrega directa.
Saludos,
Wuilmer Venegas